Theo đó, khu vực phải đăng ký khai thác nước dưới đất bao gồm khu vực có mực nước dưới đất đã bị thấp hơn mực nước hạ thấp cho phép do UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quy định; khu vực có mực nước dưới đất bị suy giảm 3 năm liên tục và có nguy cơ hạ thấp hơn mực nước hạ thấp cho phép; Khu vực bị sụt lún đất, biến dạng công trình do khai thác nước dưới đất gây ra; khu vực đô thị, khu dân cư nông thôn nằm trong vùng có đá vôi hoặc nằm trong vùng có cấu trúc nền đất yếu; Khu vực bị xâm nhập mặn do khai thác nước dưới đất gây ra; khu vực đồng bằng, ven biển có các tầng chứa nước mặn, nước nhạt nằm đan xen với nhau hoặc khu vực liền kề với các vùng mà nước dưới đất bị mặn, lợ.
Bên cạnh đó, khu vực đã bị ô nhiễm hoặc gia tăng ô nhiễm do khai thác nước dưới đất gây ra; khu vực nằm trong phạm vi khoảng cách nhỏ hơn 1 km tới các bãi rác thải tập trung, bãi chôn lấp chất thải, nghĩa trang và các nguồn thải nguy hại khác. Khu đô thị, khu dân cư tập trung ở nông thôn, khu chế xuất, khu, cụm công nghiệp tập trung, làng nghề đã được đấu nối với hệ thống cấp nước tập trung và bảo đảm cung cấp nước ổn định cả về số lượng và chất lượng cũng là những khu vực phải đăng ký khai thác nước dưới đất.
Tổ chức, cá nhân có giếng khoan khai thác nước dưới đất cho hoạt động sản xuất, kinh doanh, dịch vụ với quy mô không vượt quá 10 m³/ngày đêm, giếng khoan khai thác nước dưới đất cho sinh hoạt của hộ gia đình, cho các hoạt động văn hóa, tôn giáo, nghiên cứu khoa học nằm trong các khu vực quy định trên và có chiều sâu lớn hơn 20 m thì phải thực hiện việc đăng ký khai thác nước dưới đất.
Thông tư cũng quy định, cơ quan đăng ký khai thác nước dưới đất là UBND cấp xã hoặc UBND cấp huyện do UBND cấp tỉnh quyết định.
Trường hợp tổ chức, cá nhân đã đăng ký khai thác nước dưới đất, nếu không tiếp tục khai thác, sử dụng thì phải thông báo và trả tờ khai cho cơ quan đăng ký hoặc tổ trưởng dân phố để báo cho cơ quan đăng ký và thực hiện việc trám, lấp giếng không sử dụng theo quy định.
Thông tư này có hiệu lực thi hành từ 15/7/2014.