Sức đề kháng của cây kém do tuổi cao, cây dễ bị một số sâu bệnh xâm nhập như: sâu non xén tóc , sâu đục thân, nấm mục...
Quá trình xâm hại cây cũng có thể do tác động của con người lên lớp vỏ cây, tác động lên hệ rễ của cây làm suy giảm dinh dưỡng của cây.
Đa số cây không đủ không gian dinh dưỡng: Các cây Di sản cũng giống như các Cụ già cần phải có chế độ chăm sóc riêng, đặc biệt mới đảm bảo sinh trưởng tốt, bền vững.
Nhưng rất tiếc phần lớn cây Di sản được công nhận đã bị các công trình kiến trúc, nhà ở lấn chiếm không gian dinh dưỡng quá nhiều . Phía trên không cây bị các công trình nhà cửa chiếm, cành lá bị chặt bớt, phía dưới đất hệ rễ bị tổn thương cắt rễ do các công trình ngầm mở rộng. Ở một số nơi đất đai còn bị nhiễm độc hại do sử dụng quá nhiều các chất hóa học độc hại, thuốc phòng trừ sâu bệnh làm hệ rễ bị chết kéo theo cây chết khô. Điền hình là các cây Muỗm Đền Voi Phục Phường Thụy Khuê, Quận Tây Hồ TP Hà Nội.
Sự tàn phá của thiên nhiên: Mỗi năm mùa mưa bão đến là một lần thử thách đối với những cây già cỗi. Mùa mưa cũng là mùa cây cối sinh trưởng phát triển, nhưng cũng là mùa kết thúc, số phận cho một cây. Đây cũng là lý do vì sao cha ông chúng ta đã lựa chọn những loài cây có khả năng chống chịu gió bão tốt, chịu ngập úng định kỳ tốt. Hiện nay việc trồng cây lớn, rễ trụ đã bị cắt đứt cũng là một nguyên nhân làm cho các loài cây trồng dễ bị đổ trong mùa mưa bão.
Sự tác động có ý thức và vô ý thức của con người: Khi chưa được tôn vinh là cây Di sản, cây Cổ cũng giống như ngàn vạn cây khác đã chịu sự tác động mãnh liệt của con người thậm chí còn rất thô bạo. Ngược lại với điều này là sự thờ ơ, không quan tâm và nhất là không hiểu rõ giá trị của cây Cổ đối với các công trình lịch sử văn hóa, đối với cộng đồng dân cư. Trẻ con có thể leo trèo tự do trên cây hái quả, bắt chim, người qua đường có thể thử độ sắc của dao vào các gốc cây cổ, hoặc khắc tên lên thân cây.
Đó là những ly do cây Đa Cổ Loa đã biến mất cách đây hơn 20 năm, nhiều gốc cây Gạo sù sì vết sẹo do con người tác động. Ở Hà Nội có rất nhiều cây Cổ ngay trong các Đình - Đền - Chùa đang bị nhà dân chèn ép, các công trình ngầm lấn át đang làm cây chết dần chết mòn.
Sự kiện vinh danh cây Di sản đang làm hồi sinh các cây Cổ, đang làm thức dậy tinh thần dân tộc, tình yêu và y thức bảo vệ thiên nhiên của cộng đồng dân cư các làng bản, phố phường để gìn giữ các Di sản mà cha ông ta đã để lại.