Tuy nhiên, Cây Di sản đều là những cây hàng trăm năm tuổi, đứng trước sự xâm hại của các loại nấm, sâu bệnh... Vì thế, cần có biện pháp bảo vệ thích hợp, nhất là sau khi cây đã được vinh danh.
Những ngày đầu năm nay, Hà Nội có thêm nhiều cổ thụ được Hội Bảo vệ Thiên nhiên và Môi trường công nhận là "Cây Di sản Việt Nam". Trong đó, phải kể tới cây đa tía hơn 400 năm tuổi ở thôn Kiều Mai (xã Phú Diễn, huyện Từ Liêm), cụm sáu cây cổ thụ ở làng lụa Vạn Phúc (quận Hà Ðông). Trong số 450 cổ thụ đã được vinh danh trên toàn quốc, Hà Nội có gần 70 cây, chiếm vị trí dẫn đầu. Là thành phố có bề dày văn hóa, cổ thụ Hà Nội có đặc trưng riêng, phần lớn gắn liền với những di tích, di sản, với những danh nhân đất nước. Từ xa xưa, mỗi khi xây dựng đình, chùa, đền, miếu, người xưa đã trồng những cây xanh tại di tích này để gửi gắm vào đó ước vọng về sự vững bền, trường tồn. Trong tâm thức người dân Thủ đô, cổ thụ gắn liền với đời sống tâm linh.
Nhằm bảo tồn, phát huy giá trị cổ thụ, Hội Bảo vệ Thiên nhiên và Môi trường Việt Nam bắt đầu vinh danh "Cây Di sản Việt Nam" từ năm 2010. Nếu là cây do con người trồng, yêu cầu phải có hơn 100 năm tuổi, cao từ 30 m trở lên, chu vi thân tối thiểu (đo cách gốc 1,5 m) là 3,5 m đối với cây gỗ, thân đơn. Một số loại cây không phải thân gỗ, hay cụm cây thì yêu cầu đặt ra thấp hơn. Ðặc biệt ưu tiên những cây có giá trị lịch sử, văn hóa, giá trị cảnh quan. Năm 2010, cụm chín cây muỗm tại đền Voi Phục (phố Thụy Khuê, quận Tây Hồ) là những Cây Di sản đầu tiên được vinh danh trên cả nước. Theo đánh giá của các nhà khoa học, cụm cây này có từ 700 đến 1000 năm tuổi, cây lớn nhất có chu vi thân 5 m, cao 29 m. Cụm chín cây muỗm phủ xanh cả một vùng rộng lớn, gắn bó với sự phát triển của vùng đất phía tây Thăng Long - Hà Nội qua suốt chặng đường lịch sử. Ngay tiếp sau cụm muỗm, 18 cây duối cổ thụ ở làng Ðường Lâm (thị xã Sơn Tây) cũng được công nhận là "Cây Di sản Việt Nam". Rặng duối cổ thụ này có kích thước lớn, được nhân dân truyền tụng rằng, đây là nơi trước kia tướng sĩ của vua Ngô Quyền dùng để buộc voi chiến, ngựa chiến.
Hầu hết những cổ thụ được công nhận là Cây Di sản trên địa bàn Thủ đô đều gắn liền với những giai thoại văn hóa, những sự kiện lịch sử. Cây đa tía ở thôn Dược Thượng (xã Tiên Dược, huyện Sóc Sơn) có hơn 400 năm tuổi là một chứng nhân lịch sử trong hai cuộc kháng chiến chống ngoại xâm. Thời kháng chiến chống thực dân Pháp, cây đa vừa là địa điểm của đài phát thanh xã tuyên truyền chủ trương, chính sách của Ðảng, vừa là đài quan sát theo dõi mọi diễn biến của địch đóng ở đồn bốt chung quanh, đồng thời là hộp thư liên lạc bí mật cho du kích. Trong những ngày tháng ác liệt của trận chiến "Ðiện Biên Phủ trên không" cuối năm 1972, người dân làm hầm tránh bom đạn chung quanh gốc cây, nhờ đó đã hạn chế được nhiều tổn thất.
Chủ tịch Hội đồng Cây Di sản Việt Nam, Giáo sư Ðặng Huy Huỳnh cho biết, việc vinh danh Cây Di sản đã góp phần nâng cao ý thức bảo vệ cổ thụ của người dân. Ở nhiều địa phương, trước đây có hiện tượng dựng lều, quán, nhà... lấn chiếm khu vực di tích có Cây Di sản. Khi cây được vinh danh là Cây Di sản, chính quyền và nhân dân các địa phương đã giải tỏa những công trình lấn chiếm, tạo cảnh quan đẹp. Có thể lấy thí dụ như các Cây Di sản ở đền Voi Phục (quận Tây Hồ), cây đề xã Ngọc Liệp (huyện Quốc Oai), cây gạo thôn Lũng Kênh (xã Ðức Giang, huyện Hoài Ðức), cây đa thôn Dược Thượng (xã Tiên Dược, Sóc Sơn)... Tuy nhiên, thực tế cũng bộc lộ nhiều bất cập trong công tác bảo vệ Cây Di sản. Vừa qua, hai trong số chín cây muỗm được công nhận là Cây Di sản tại đền Voi Phục đã chết. Bảy cây còn lại đều bị sâu bệnh xâm hại ở các mức độ khác nhau và cần chữa trị. Chuyện hai cây muỗm quý bị chết là điều đã được cảnh báo từ trước. Trưởng Tiểu Ban quản lý di tích đền Voi Phục Nguyễn Văn Tùng cho biết: "Khi cụm muỗm được trao bằng công nhận Cây Di sản thì hai cây đã bị sâu bệnh rồi và ngày càng bị sâu bệnh nặng hơn. Viện Lâm nghiệp có về khảo sát bệnh của cây, nhưng nói rằng kinh phí chữa sâu bệnh lên đến 70 triệu đồng. Ban quản lý di tích không có đủ kinh phí, cho nên đành chịu".
Mới đây, UBND quận Tây Hồ đã có cuộc họp với đại diện Hội Bảo vệ Thiên nhiên và Môi trường để bàn giải pháp bảo tồn bảy cây muỗm còn lại. Phó Chủ tịch UBND quận Tây Hồ Ðinh Trọng Sơn đã yêu cầu Phòng Văn hóa - Thông tin quận, UBND phường Thụy Khuê và Ban quản lý khu di tích phải nhanh chóng tìm nguồn kinh phí (kể cả kinh phí nhà nước và xã hội hóa) để kịp thời chữa trị bệnh những cây còn lại, chặt hạ hai cây đã chết để phòng nguy hiểm trong mùa mưa bão sắp tới. Mặc dù vậy, việc hai cây muỗm có tuổi đời hơn 700 năm chết vẫn để lại bài học trong công tác bảo tồn. Trong tiêu chí công nhận Cây Di sản, trách nhiệm bảo vệ cây thuộc về chủ sở hữu (chùa, đình, làng, xã, cá nhân, tập thể... đăng ký danh hiệu). Hội Bảo vệ Thiên nhiên và Môi trường Việt Nam là tổ chức nghề nghiệp, xã hội, không có kinh phí nên sau khi vinh danh, Hội có trách nhiệm tư vấn, hỗ trợ trong việc bảo vệ cây. Mặc dù đã phân định rõ ràng trách nhiệm, nhưng nhận thức của người dân trong bảo tồn Cây Di sản vẫn hết sức hạn chế. Một số địa phương rất háo hức làm thủ tục để có thể được công nhận là Cây Di sản Việt Nam, nhưng lại thiếu các biện pháp bảo vệ cây. Hà Nội còn rất nhiều cổ thụ, thời gian tới, sẽ còn nhiều cây được công nhận là Cây Di sản. Mong rằng, ngay từ khi làm hồ sơ để có thể được công nhận Cây Di sản, các địa phương cần có phương án bảo vệ lâu dài, tránh "căn bệnh" hình thức, khi đón nhận danh hiệu thì tổ chức rình rang, còn khi cây mắc sâu bệnh thì không ai nhận trách nhiệm để khắc phục.